Hapo's blog

写这个是因为每次用的时候发现都忘记了，甚至不知道网页在哪，每次都要在一堆链接中反复点击，宛如蒙特卡洛模拟，有时候甚至还找不到想要的网站。因此我现在就把使用modeller补全缺失残基的网页放在这里。

我们以4GNX为例进行补全。首先4GNX在PDB中是个二聚体结构，我们只需要其中的一半的信息，所以我们删除了X，Y，Z和L链，改文件命名为4gnx_half.pdb。之后我们需要得到pdb中的序列信息。但是modeller只会得到存在的残基的序列。对于中间缺失的残基，虽然pdb文件的REMARK 465中记录了缺失的残基序号和类型，pdb文件中的SEQRES也记录了生物分子的序列信息，但是modeller并不会帮你从pdb中提取出来在序列上补充上，因为modeller认为这部分信息是不可靠的。并且有的经过处理的pdb甚至会丢失这些信息。

我们可以使用一下代码提取pdb文件中的序列信息：

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from modeller import *
# Get the sequence of the 4gnx PDB file, and write to an alignment file
code = '4gnx'

e = Environ()
m = Model(e, file=code)
aln = Alignment(e)
aln.append_model(m, align_codes=code)
aln.write(file=code+'.seq')

最近发现自己的数学，在我学习随机过程的时候，我发现我并不会概率论，当我学习概率论的时候，我发现我并不会测度论，而当我学习测度论的时候，我终于发现，原来我不会数学。
想到这里，顿时豁然开朗，原来我应该从头开始学数学。

当然实际上，在我学习测度论的时候，我就发现其实我缺失的是一些最基本的数学上的概念，比如上确界和下确界，这些知识的缺失使我学习测度论的过程异常艰难。

为了补全这些知识，我决定从数学分析开始学起来。为了记住学习的知识点，我决定用费曼学习法，即写一本《数学分析讲义》。希望能在学习和写讲义的过程中有所收获。