amber22已经把Amber部分开源了, 再加上最近需要使用amber, 所以将amber的安装研究了下, 经过两天的debug, 终于可以在集群上安装起来.

最基本的安装过程

amber22使用cmake进行构建程序, 这样的好处是不会破坏源程序文件夹, 并且amber22已经不需要再分开编译serial, mpi, cuda版本, 只要开启了相应的选项就能都编译出来. 在/path/to/amber22_src/build中有run_make和configure_make.py两个文件. 其中, run_make写了基本的编译命令, 你需要对自己需要的选项进行修改从编译需要的版本, 而configure_make.py则是一个python脚本, 可以通过命令行设置对应的选项. 两个文件可以任意选一个进行configure. 当编译出现问题时, 可以用clean_build清理掉生成的文件.

最基本的安装命令是

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./run_make
make install
source /path/to/amber/amber.sh

如果amber源文件夹为/path/to/amber22_src, 则默认安装好的文件夹在/path/to/amber.

密钥登陆

linux 下可以使用 ssh 远程登陆集群, 为了登陆方便, 我们可以使用密钥, 生成密钥的命令为:

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ssh-keygen

其中需要输入文件名和 key 的类型。
使用ssh-copy-id命令可以将filename.pub公钥分发给远程主机:

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ssh-copy-id hapo@webserver1

以上命令会将默认公钥分发过去, 也可以使用

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ssh-copy-id -i ~/.ssh/filename.pub hapo@webserver1

指定需要分发的公钥。
此时就能不需要密码登陆远程服务器, 若密钥名字不是默认的名字(~/.ssh/id_rsa等), 则可以用以下命令指定:

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ssh -i ~/.ssh/filename hapo@websever1

另外可以使用以下命令查看密钥和公钥对应的指纹:

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ssh-keygen -l -f ~/.ssh/filename
ssh-keygen -l -f ~/.ssh/filename.pub

git是一个版本控制软件，以前使用的方法过程粗浅，因此我希望记录下git的一些命令，这些命令主要是从jyy的ics的PA上抄来的。

安装好git后我们需要先进行一些配置工作。在终端中输入一下命令:

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git config --global user.name "hapo"
git config --global user.email "hapo@mail.com"
git config --global core.editor vim
git config --global color.ui true

这些配置会储存在家目录下的.gitconfig中，经过了配置之后，我们就可以开始使用git了。

本地管理

初始化

我们可以用git clone拉取远程的框架代码，或者在本地进行初始化新的项目:

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git init

查看存档信息

使用

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git log

查看目前为止所有的存档。
使用

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git status

可以得知，与当前存档相比，哪些文件发生变化。

更新为opensuse15.4后显卡驱动被卸载了，每次安装显卡驱动都异常复杂，因此记录下来以便以后查阅。

添加Nvidia软件源

首先需要添加Nvidia的软件源:

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sudo zypper addrepo --refresh 'https://download.nvidia.com/opensuse/leap/$releasever' NVIDIA

获得硬件信息

用以下命令可以获得硬件信息:

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sudo lspci |grep VGA
sudo lscpu |grep Arch # 中文要改成"架构"

或者使用以下命令查看:

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sudo hwinfo --gfxcard | grep Model
sudo hwinfo --arch

又或者使用inxi命令:

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inxi -G
inxi -Ga

安装

现在查看下所需要的显卡驱动，显卡驱动的名字有如下含义:

1. G03 = driver v340 = legacy driver for GT8xxx/9xxx devices
2. G04 = driver v390 = legacy driver for GTX4xx/5xx Fermi devices
3. G05 = current driver for current devices
4. G06 = covers all cards GT700 and up

可以用一下命令查看显卡驱动信息:

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sudo zypper se x11-video-nvidiaG0*

或者:

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sudo zypper se -s x11-video-nvidiaG0*

如果要或者OpenGL加速效果，可以用一下命令查看额外的包的信息:

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zypper se nvidia-glG0*

U盘刻盘ISO后空间会变得和ISO问题大小一样，最初是在折腾树莓派的时候发现这个问题。最近在刻opensuse15.4的盘的时候也发生了这个问题，因此在这里记录下解决这个问题的代码：

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sudo parted /dev/sdc # 使用parted来调整磁盘/dev/sdc
print # 打印查看当前的
resizepart 2 -1 # 将第二个分区充满剩下的空间
quit # 退出
sudo resize2fs /dev/sdc2 # 使用resize2fs来调整sdc2分区大小

亲测在树莓派的SD卡以及U盘上都可用。但是对于U盘也只是lsblk可以识别出大小而已，df命令依旧识别ISO的大小，不知道怎么修正，猜测是最后一步出错了。

最近因为opensuse15.2坏掉了所以升级成了15.4，而安装packman源解决编码器问题一直是个复杂的过程，而最近则发现这个过程已经有人写好了包，所以在这里记录下：

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sudo zypper install opi
opi codecs

以上两行代码就解决了编码器问题。

转化编码格式

有时候在linux打开文件会出现乱码，这时候可以使用iconv转化编码格式:

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iconv -f GB2312 -t utf-8 -o output.txt input.txt

以上命令可以将GB2312编码格式的input.txt文件转化为utf-8编码格式的output.txt文件。

定义新命令

为了在latex中书写方便，可以用newcommand定义新命令:

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\newcommand{\<cmdname>}[<n>]{<command>}

1. <cmdname>为新定义的命令名字。
2. <n>为参数个数，各个参数可以在命令体中用#1、#2表示
3. <command>为命令体。
   例如，可以用newcommand定义平均值的表示:

   1	\newcommand{\mean}[2]{\frac{#1_1 + #1_2 + \cdots + #1_#2}{#2}}

   之后可以这样在数学环境中使用

   1	\mean{a}{n}

   但是newcommand不允许定义一个已经存在的命令，如果要防止报错，可以使用providecommand，该命令使用和newcommand一致，当命令不存在时，它相当于newcommand，当命令存在时，它沿用之前的定义。例如:

   1	\providecommand{\mean}[2]{\frac{#1+#2}{2}}

   则\mean{a}{n}依旧等于
   $$ \frac{a_1+a_2+\cdots+a_n}{n} $$
   有时候我们需要重新定义一个已经定义的命令，此时，我们可以用renewcommand，renewcommand的使用和newcomand相同，但是它必须以及存在原命令，否则会报错。
   这些命令的定义会受到局部环境的影响，即在环境内部定义的命令在外部无法使用。
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新冠阳了，今天开始复建运动。先试着把小分子的力场文件构建起来吧。这是我并不熟悉的领域，所以需要学习好多教程。

获得PDB结构

这里我们主要是要制作醋酸盐(acetate)和甲铵盐(methylammonium)的力场，我们首先需要得到小分子的PDB结构，可以从PDB库中找到我们需要的小分子。醋酸盐和甲铵盐的代码分别为ACT和3P8。在网页上可以下载到.sdf文件，接下来可以使用openbabel将.sdf文件转化为.pdb坐标。

我想做计算机程序的构造与解释(SICP)的教程，先在这里占个坑。